A Federação Nacional das Apaes, comprometida com a melhoria da qualidade de vida da pessoa com deficiência, entendeu que pela abrangência e capilaridade social do Movimento Apaeano, poderia contribuir na qualificação desse, por meio da melhoria da capacidade gerencial das unidades.
Neste sentido na gestão 1998/2003 criou o Projeto Águia constituído de dois programas, o programa de desenvolvimento técnico e o programa de desenvolvimento gerencial.
